Можно ли подать одно уведомление о начале производства пива на фильтрованное и нефильтрованное пиво, или нужно разделить на два уведомления?

Нет, нельзя.

Уведомление о начале оборота на территории Российской Федерации алкогольной продукции (предполагаем, что именно это уведомление подразумевается в вопросе) является документом, содержащим дату первой поставки на территорию Российской Федерации алкогольной продукции определенного наименования, описание её характеристик и свойств, технологических процессов производства, производственного контроля, хранения, перевозки, реализации, утилизации, маркировки.

Фильтрованное и нефильтрованное пиво различаются между собой способом обработки как частью технологического процесса производства, что в свою очередь определяет различия в  характеристиках и свойствах готовой продукции, а также в сроках её хранения.