Контрагент изменил КПП, не предупредив поставщика об этом. ТТН в ЕГАИС отправлялись на старый ID. Соответственно, они сейчас не подтверждены в УТМ. Что в таком случае нужно делать? Отменять ТТН мы не можем. Период слишком большой, уже поданы все декларации.

Ничего.

Каждый исполняет обязанности по фиксации сведений в ЕГАИС, связанных с оборотом алкогольной продукции, в отношении себя: поставщик – в части отгрузки (поставки), покупатель – в части закупки (получения) продукции. Таким образом, и ответственность несет соответствующее лицо в случае неисполнения именно его обязанности.

Если Вы отразили отгрузку в ЕГАИС на «старый ID» – это проблема покупателя, Ваша организация в принципе не может знать, «старый» это ID, или «новый». Такая точка зрения вполне согласуется с рекомендациями РАР, которая в свое время разъяснила, что поставщики могут фиксировать в ЕГАИС отгрузки клиентам, которые даже не подключились к УТМ, но имеют FSRAR_ID (см. ссылку https://profibeer.ru/beer/9551/). В Вашем случае – контрагент не только имеет FSRAR_ID, но и, судя по контексту вопроса, является подключенным пользователем.