Свою карьеру Алексей Александрович начал в компании «Балтика» в 2000 году с позиции слесаря-ремонтника ремонтно-механического цеха завода «Балтика-Санкт-Петербург». С июля 2002 года А.А. Ильин вошел в проектную группу по строительству завода в Хабаровске и с момента запуска предприятия работал на разных позициях: начальник механической службы, главный инженер, директор филиала.
18 октября 2007 года Алексей Ильин назначен директором филиала ОАО «Пивоваренная компания «Балтика» - «Балтика-Самара».