Может ли сумма Торг-12 и сумма ТТН ЕГАИС разниться на сумму НДС (НДС ошибочно был указан «сверху», а не «в том числе»)?

Не может. Заявки о фиксации сведений в ЕГАИС должны оформляться на основании данных, указанных в товарно-транспортной накладной.

Нормативное обоснование:

пункты 5.1, 5.1.1, 5.2, 5.2.1 Приложения № 5 к Приказу Росалкогольрегулирования от 21.05.2014 № 149 «Об утверждении форм заявок о фиксации в единой государственной автоматизированной информационной системе учета объема производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции информации об организации, осуществляющей производство и (или) оборот (за исключением розничной продажи) этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, о продукции, об объеме производства и оборота продукции, о документах, разрешающих и сопровождающих производство и оборот продукции, подтверждений о фиксации и уведомлений об отказе в фиксации указанной информации, а также формы и порядка заполнения запросов организаций о предоставлении информации, содержащейся в единой государственной автоматизированной информационной системе учета объема производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, и справок, предоставляемых территориальными органами Федеральной службы по регулированию алкогольного рынка на основании этих запросов».