Несет ли производитель какую-либо ответственность за накладные, отправленные в систему ЕГАИС, но не подтвержденные покупателем?

Действующим законодательством такая ответственность не предусмотрена. 

Каждый исполняет обязанности по фиксации сведений в ЕГАИС, связанных с оборотом алкогольной продукции, в отношении себя: производитель – в части отгрузки (поставки), покупатель – в части закупки (получения) продукции. Таким образом, и ответственность несет соответствующее лицо в случае неисполнения именно его обязанностей.