Подскажите, пожалуйста, в связи с началом периода обязательного предоставления отчетности ЕГАИС для розничных торговых точек с 01.07.2016, на кого возлагаются функции контроля за соблюдением данного закона? И что мешает, например, магазину разливного пива, торгующему только пивом (т.е. лицензия не нужна) продолжать работать «в черную», на «вмененке», без ЕГАИСа и другой отчетности?

Согласно пункту 1, подпунктам 5.3.6, 5.6, 5.7, 6.9 «Положения о Федеральной службе по регулированию алкогольного рынка», утвержденного Постановлением Правительства РФ от 24.02.2009 № 154 (в редакции от 01.07.2016), Росалкогольрегулирование наделено функциями ведения, контроля ЕГАИС, а также проведения проверок юридических лиц и индивидуальных предпринимателей и наложения административных взысканий в контролируемой отрасли (см. также статьи 14.19, 23.50 Кодекса РФ об административных правонарушениях). Подробно – смотрите консультацию на портале: https://profibeer.ru/legal-advice/8842/. 

Что касается второго вопроса - на наш взгляд, мешает каждому свое: одним – гражданское правосознание (уважение к закону), другим  – совесть и/или деловая репутация, третьим – боязнь привлечения к административной ответственности (а в особо запущенных случаях – назначения уголовного наказания).

Нормативное обоснование: приведено в тексте ответа.